赤井秀一被水无怜奈击毙的真相

赤井秀一没有被杀死，属于假死。

水无怜奈回到组织后以身体原因为由辞去了主持人一职。因其身份受到Boss和琴酒等组织成员的怀疑，被要求杀死赤井秀一以证清白。在来叶山道向秀一开枪并引爆了秀一车上的炸药，使秀一得以实现假死的计划。

之后将黑衣组织派出新成员侦探波本来追查雪莉（宫野志保，即灰原哀）下落的情报传达给FBI，让FBI和柯南等提早应对。后有一外貌很像秀一的神秘男子出现，右脸有烧伤，疑为没有死的秀一。

之后琴酒因听伏特加（Vodka）提到伤疤赤井出现，而怀疑基尔并没有杀死赤井秀一，并把她叫了出来，准备在证实该男子确为赤井秀一后就杀掉基尔。但最后因贝尔摩得带来Boss口信证实伤疤赤井为波本假扮，琴酒相信赤井已死并下令撤退。基尔也重新得到信任。

水无怜奈在FBI的协助下重新进入黑衣组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。