扭蛋币会被清零吗

不会的。

一般来说是不会清空。扭蛋奖励领取一种是页面直接领取另一种就是游戏消息页面进行领取。您的问题看出很大可能是由消息页面领取，而有消息页面发放的奖励，一般不会因为赛季的更新而消失。