非法開採沙土由那個部門管理

依據我國航道法的規定，如果非法採砂不構成犯罪的情況下，應該由河道管理部門進行處罰，如果構成犯罪的應該協助公安機關進行處理。

《中華人民共和國航道法》第四十三條 在河道內依法劃定的砂石禁採區採砂、無證採砂、未按批准的範圍和作業方式採砂等非法採砂的，依照有關法律、行政法規的規定處罰。

根據我國相關法律法規的規定，國務院水利行政主管部門是和道德管理部門，在河道開採沙子的，要經河道主管機關的批准，所以開採沙子的，根據不同地區，經由各省、自治區、直轄市的水利行政主管部門的批准。

法律依據：《中華人民共和國河道管理條例》

第四條 國務院水利行政主管部門是全國河道的主管機關。各省、自治區、直轄市的水利行政主管部門是該行政區域的河道主管機關。

第二十五條 在河道管理範圍內進行下列活動，必須報經河道主管機關批准涉及其他部門的，由河道主管機關會同有關部門批准：

（一）採砂、取土、淘金、棄置砂石或者淤泥

（二）爆破、鑽探、挖築魚塘

（三）在河道灘地存放物料、修建廠房或者其他建築設施

（四）在河道灘地開採地下資源及進行考古發掘。