綜合工時制欠的工時怎麼辦

這個要分具體情況來處理。

第一種情況，如果是員工入職當月綜合工時不足的話，可以考慮按實際出勤工時結算工資

第二種，如果員工因請假或其他原因導致綜合工時不足，可以考慮用前面的累計剩餘工時來抵扣，如果不足以抵扣可扣除部分工資，或者與公司商量一下看能否下月多上些班來抵扣。