农村违建猪圈归哪个部门管

归当地人民政府和自然资源部门管。当地人民政府负主体责任。

猪圈是属于设施农用地。违建猪圈要看是占的什么地类，不同的地类处理方式不一样。如果是占用的基本农田，特别是2020年7月3日以后建设的，是属于乱占耕地建房的典型问题，将会被处罚、被拆除。如果是一般农用地，可以申请设施农用地备案手续。