学校会查三方协议的真实性吗

不会。实习所签署的三方协议是跟着毕业生档案走的，与你的实习鉴定表一起存入档案内。学校一般不会鉴别印章的真伪性，因为涉及到学生数量太多。

根据相关规定：学校的师生员工以及其他到学校活动的人员都应当遵守本规定，维护宪法确立的根本制度和国家利益，维护学校的教学、科研秩序和生活秩序。