曹操在讨伐黄巾之乱时的官位是

骑都尉

黄巾起义爆发后，曹操被任命为骑都尉，随皇甫嵩前往镇压颍川的黄巾军，因作战勇敢被提升为济南相(太守)。

骑都尉：官名。汉武帝始置。两汉均置，属光禄勋，秩比二千石，掌监羽林骑，无定员。晋以后历代沿置，唐为勋官十二转之第五转，相当于从五品。宋、金沿置。元、是从四品。明文官别为赞治少尹。清为世爵名。乾隆元年(1736)改拜他喇布勒哈番汉名骑都尉，在轻车都尉下，云骑尉上。