三方备付金代付会冻结吗

可以。

根据法律，依法有权冻结账户权限的机构通常为公、检、法、国家安全机关、海关、税务等行使公权力的行政机关。当有的网贷平台出现卷款跑路等风险，资金托管机构在收到投资人诸如冻结托管账户、停止划拨资金等要求时，第三方支付这样的商事主体是可以据此自主冻结商户资金